從上下文看,對觀福音在五餅二魚神蹟之前談及施洗約翰被殺(太十四3-12),或希律開始關注耶穌(路九7-9),所以耶穌退到山上,可能是為了躲避希律。《約翰福音》六章1節的「這事以後」,承接第五章,猶太人反對耶穌在安息日治病,決定迫害他,以及耶穌反駁他們。約翰在六章特別提起「猶太人的逾越節近了」,猶太人傳統節期的主題再一次浮現。第六章後半是關於舊約摩西賜嗎哪的討論,恰好對應耶穌用五餅二魚餵飽五千人的神蹟。耶穌引申討論,宣稱自己是「從天上降下的糧食」,再次引起和猶太人的衝突(六41)。約翰刻意如此編排敍述,可見五餅二魚的神蹟記載,延續了猶太人傳統與耶穌之間角力的主題。耶穌宣告他降世是上帝的差遣,比起摩西的嗎哪,他才是神所賜的真嗎哪,所以他是生命之糧。
另一特別之處,是約翰重複指出眾人跟隨耶穌,只是因為看見了神蹟,又在故事最後特別點出眾人因神蹟而繼續誤解耶穌的身分,以及神蹟背後的意義。只有約翰仔細描述耶穌特意去試驗門徒的信心,耶穌又因知道眾人對他有錯誤期望而退到山上。由此可見,約翰要帶出一個重點,正確的信心和神蹟並不存在必然的關係。神蹟只是一個記號,指向真理,而耶穌時刻察看人心,試驗他們是否準確認識和領受從神而來的生命之糧。